Das Repertoire des Morphing Vienna Chamber Orchestra hat keine Grenzen, es reicht von den Werken Mozarts bis zu Werken der Moderne, auch Unterhaltuns- und Filmmusik zählt zum Repertoire des Orchesters.

Im Jahr 2008 wurden im Notenarchiv des Klosters Jasna Gora 18 Partituren wiederentdeckt, die alle mit Mozarts Namen signiert worden waren. Das Morphing Vienna Chamber Orchestra widmet einen Teil seiner Tätigkeit der Uraufführung dieser Werke. Die Uraufführung der Arie „Jesu dulcis memoria” für Solo-Sopran, Klarinette und Kammerorchester fand im Rahmen des Internationalen Festivals für Sakralmusik „Gaude Mater” in Czestochowa statt. Das Orchester plant die Aufführung und Aufnahme aller weiteren mit Mozarts Namen signierten Partituren.